Sejarah perkhidmatan kesihatan di negara ini bermula sejak sebelum merdeka lagi. Pembinaan hospital ketika itu adalah untuk merawat pekerja-pekerja dalam industri perlombongan bijih timah. Setiap pekerja lombong harus membayar 50 sen setahun untuk mendapatkan rawatan. Oleh kerana industri perlombongan bijih timah berkembang pesat di Perak, pada akhir abad ke-19 maka negeri ini mempunyai paling banyak hospital iaitu 15 buah. Hospital-hospital tersebut ialah Hospital Taiping, Teluk Intan, Tapah, Sg. Siput, Slim River, Sri Manjung, Selama, Parit Buntar, Kuala Kangsar, Kampar, Ipoh, Grik, Changkat Melintang, Batu Gajah dan Tanjung Rambutan.
Pada tahun 1880, Hospital Taiping iaitu antara hospital tertua di negara ini dibina dan dikenali sebagai Hospital Yeng Wah. Hospital Taiping turut mencatat sejarah kerana menjadi hospital pertama dilengkapi dengan kemudahan x-ray selepas beberapa bulan diperkenalkan kepada umum oleh penciptanya Prof. W.C Roentgen. Selain penubuhan hospital, tren penyakit berjangkit seperti malaria dan beri-beri, yang kerap berlaku mendorong kepada penubuhan Institut Penyelidikan Perubatan (IMR) pada tahun 1900. Kewujudan IMR adalah bertujuan untuk membuat kajian mengenai penyebab penyakit berjangkit ini dan kaedah untuk mengawal jangkitan terutama penyakit tropika.
Pada tahun 1880, Hospital Taiping iaitu antara hospital tertua di negara ini dibina dan dikenali sebagai Hospital Yeng Wah. Hospital Taiping turut mencatat sejarah kerana menjadi hospital pertama dilengkapi dengan kemudahan x-ray selepas beberapa bulan diperkenalkan kepada umum oleh penciptanya Prof. W.C Roentgen. Selain penubuhan hospital, tren penyakit berjangkit seperti malaria dan beri-beri, yang kerap berlaku mendorong kepada penubuhan Institut Penyelidikan Perubatan (IMR) pada tahun 1900. Kewujudan IMR adalah bertujuan untuk membuat kajian mengenai penyebab penyakit berjangkit ini dan kaedah untuk mengawal jangkitan terutama penyakit tropika.
Bukan itu sahaja, kebimbangan kemungkinan merebaknya penyakit ekoran daripada kekurangan zat makanan, penyakit cacar dan penyakit anjing gila juga mengukuhkan keperluan IMR ditubuhkan di negara ini. Bermula dari itu, kerja-kerja penyelidikan dan perkhidmatan rancak dijalankan dan pada tahun 1928, Bahagian Entomologi dan Badan Penasihat Malaria ditubuhkan. Menyusul selepas itu, diwujudkan pula Bahagian Pemakanan dan Biokimia, Bakteria serta Patologi.
Sejarah perkhidmatan kesihatan turut dicatatkan di Sarawak. Ia bermula ketika era Raja Brooke di mana hospital dibina khusus untuk merawat pegawai-pegawai berbangsa Eropah dan keluarga mereka. Gadis-gadis tempatan juga dilatih menjadi jururawat dan bidan di Kuching. Semasa zaman kolonial, perkhidmatan di negeri tersebut telah menfokuskan kepada rawatan perubatan di kawasan bandar. Dalam pada itu, perkhidmatan kesihatan di Sabah ditubuhkan oleh North Borneo Chartered Company yang memerintah negeri itu dari tahun 1881 hingga 1942.
Sejarah perkhidmatan kesihatan juga diwarnai dengan kewujudan perkhidmatan pergigian di Malaya dengan tertubuhnya klinik pergigian kerajaan yang pertama pada tahun 1929 di Jalan Silang ( dahulu dikenali sebagai Jalan Tun Tan Siew Sin), Kuala Lumpur. Untuk memastikan rakyat menikmati perkhidmatan pergigian yang lebih baik, Kolej Latihan Jururawat Pergigian telah ditubuhkan pada tahun 1949 di Pulau Pinang untuk melatih jururawat, teknologi pergigian dan pembantu pembedahan pergigian. Manakala Kolej Kejuruwaratan yang pertama ditubuhkan ialah Kolej Kejururawatan Pulau Pinang iaitu pada tahun 1947 dan diikuti dengan pembukaan asrama jururawat iaitu pada 16 Julai 1956 oleh Sir Donald Mc Gilivray K.C.M.G, M.B.E. Dahulunya dikenali sebagai Sekolah Kejururawat Pulau Pinang. Kolej ini telah dimulakan dangan kurikulum baru iaitu Latihan Asas, Latihan Pos Basik iaitu Kursus Paediatrik, Kursus Kebidanan, Kursus Perawatan Rapi, Kursus Koronari dan Kursus Perioperatif.
Kolej Pembantu Perubatan Ulu Kinta merupakan Institusi kedua yang diwujudkan di Semenanjung Malaysiauntuk melatih para Pembantu Perubatan demi untuk memenuhi keperluan perkhidmatan dan kesihatan di Malaysia secara amnya. Kolej Pembantu Perubatan yang lain terletak di Seremban, Kuching, dan Alor Star. Kolej Pembantu Perubatan Ulu Kinta secara rasminya telah beroperasi pada 1 Januari 1992 dengan kehadiran 6 orang tenaga pengajar. Pada 13 Januari 1992, Kolej ini telah memulakan latihan asas Pembantu Perubatan dengan kehadiran 50 peserta. Walau bagaimanapun sejarah kolej ini bermula lebih awal, iaitu pada tahun 1956 dengan menyediakan latihan untuk Penolong Jururawat. Seterusnya ia digunakan untuk melatih Pembantu Hospital Rendah pada tahun 1970. Pada tahun 1992, Bahagian Perancangan Tenaga Manusia dan Latihan telah membuat keputusan untuk menjadikan kolej ini sebagai sebuah latihan Pembantu Perubatan yang memberi latihan mengikut kurikulum baru Pembantu Perubatan yang bertaraf diploma.
Dalam Rancangan Malaysia ke 7, kerajaan telah meluluskan pembinaan lima Kolej Sains Kesihatan Bersekutu (KSKB) di bawah Kementerian Kesihatan Malaysia. Kolej-kolej tersebut adalah Kolej Sains Kesihatan Bersekutu Sg. Buloh, Kota Kinabalu, Kuching, Johor Bahru, dan Ulu Kinta. KSKB menyediakan latihan daripada 6 disiplin iaitu Kejururawatan, Radiografi dan Radioterapi, Fisioterapi, Jurupulih Carakerja, Pembantu Farmasi dan Kesihatan Persekitaran. Objektif KSKB ialah mengadakan Program Latihan Akademik Sains Kesihatan peringkat separa profesional sesuai dengan keperluan guna tenaga manusia, terutama dalam bidang Sains Kesihatan dan menanam sikap positif serta membentuk sahsiah murni, berinovasi serta sentiasa bersedia menghadapi persaingan globalisasi dunia kerjaya bidang Sains Kesihatan.
Selepas merdeka, tumpuan kerajaan adalah lebih kepada mempertingkatkan sosio-ekonomi penduduk luar bandar. Ketika mencapai kemerdekaan iaitu pada tahun 1957, negara mempunyai sebanyak 65 buah hospital. Sejak negara mendapat kemerdekaan, Kementerian menunjukkan prestasi cemerlang dalam penjagaan kesihatan rakyat Malaysia. Dalam tempoh 20 tahun merdeka (1957 - 1977), perkembangan penjagaan kesihatan negara memberi tumpuan utama kepada proses pembangunan dan menaik taraf perkhidmatan kesihatan sedia ada. Ketika inilah Pusat Kesihatan Besar, Pusat Kesihatan Kecil, Rumah Bidan dan Klinik mula dibina.
Perkembangan Perkhidmatan Farmasi mula berkembang dengan pembentukan Makmal Ubat dan Stor di Petaling Jaya pada tahun 1964. Selaras dengan perkembangan farmaseutikal yang pesat, maka Bahagian Perkhidmatan Farmasi (BPF) telah ditubuhkan pada tahun 1974 bagi menyampaikan perkhidmatan farmasi yang lebih menyeluruh kepada rakyat Malaysia. Di bawah BPF, ditubuhkan Makmal Kawalan Kimia Ubat Kebangsaan (MKKUK), sebuah institut yang bertanggungjawab menjalankan ujian untuk produk farmaseutikal. MKKUK ditukar nama kepada Biro Pengawalan Farmaseutikal Kebangsaan (BPFK) pada tahun 1992 selaras dengan perkembangan fungsinya sebagai agensi regulatori farmaseutikal dan sebagai sekretariat kepada Pihak Berkuasa Kawalan Dadah (PBKD).
Kementerian Kesihatan juga turut memainkan peranan dalam pemulihan isu-isu sosial serta pembangunan masyarakat, maka Jabatan Kebajikan Masyarakat telah ditempatkan di bawah Kementerian Kesihatan dalam dua tempoh yang berasingan iaitu dari tahun 1956 hingga 1957 dan 1960 hingga 1962. Semasa tempoh pergabungan tersebut, Kementerian dikenali sebagai Kementerian Kesihatan dan Kebajikan Masyarakat dengan menteri pertamanya ialah B. Dato' V.T. Sambanthan (1957 - 1959). Namun bermula dari tahun 1963 Kementerian ditukarkan semula kepada nama asal iaitu Kementerian Kesihatan Malaysia dengan menteri ke empat iaitu Y.B. Dato' Abdul Rahman Talib (1962 - 1964) yang mana nama tersebut terus kekal sehingga sekarang.
Kementerian Kesihatan Malaysia akan terus berkembang dengan bertambahnya fasiliti-fasiliti kesihatan pada setiap tahun. Kementerian juga menjadi rujukan dari negara-negara jiran dalam pelbagai teknologi serta kaedah perubatan seperti bidang perubatan Kardiologi dan Geriatrik. Kini fokus Kementerian Kesihatan menjadi lebih luas terutamanya dalam menyediakan kemudahan kesihatan yang saksama, mudah diperolehi dan berkualiti. Perkembangan ini selaras dengan perubahan corak kesihatan persekitaran, pembangunan teknologi kesihatan globalisasi dan liberalisasi mengikut corak perubahan penyakit, kesihatan persekitaran dan perkembangan teknologi di peringkat dunia.